Depuis sa création, l’Agence française de lutte contre le dopage est compétente pour le dopage animal, au même titre que le dopage humain. À la différence de ce dernier, les activités de dopage animal ne sont pas supervisées par l’Agence mondiale antidopage (AMA) et l’harmonisation des règles antidopage n’a pas été conduite au niveau international. En France, le choix a été fait de transposer l’essentiel des règles du dopage humain au dopage animal, sous réserve des adaptations nécessaires. Et l’organisation nationale antidopage s’est vu confier la mission de conduire le programme antidopage pour les animaux engagés dans des compétitions sportives (chevaux et chiens). Ce modèle n’est cependant pas partagé par l’ensemble des pays, à la différence du dopage humain, et les règles peuvent varier pour les compétitions nationales.
Pour assurer la mise en œuvre de la mission de l’AFLD en matière de lutte contre le dopage animal, le collège de l’Agence compte un membre désigné par le président de l’Académie vétérinaire de France tandis que la commission des sanctions peut s’adjoindre deux membres nommés par la même autorité.
